El pronóstico de una posible desaparición de la Iglesia en el término de 20 años, augurada por un alto dirigente del Partido Comunista, y curiosamente, por un alto dignatario vaticano, sería ampliamente desmentida por los hechos. A finales de los años 70, la diezmada iglesia cubana, comenzaría un serio proceso de reflexión y renovación eclesial, (la REC, Reflexión Eclesial Cubana), que culminaría en 1986, con el Encuentro Nacional Eclesial Cubano (ENEC). La Iglesia, después de un proceso de concienciación que alcanzó a todos los miembros de la misma, hasta en las más pequeñas comunidades, se lanza a definir su misión y los retos que la realidad le plantea. Una reflexión sobre la realidad nacional, sus dificultades y posibilidades, y la toma de conciencia de lo que suponía ser cristianos en Cuba, tuvo como resultado un nuevo esfuerzo evangelizador, que encontró su cauce en la "Misión de la Cruz''.

Con motivo de los 500 años del comienzo de la Evangelización del Nuevo Mundo, el Papa había propuesto a los obispos latinoamericanos lanzar una misión por todo el continente, y para ello entregó a cada país, una réplica de la cruz que Colón trajo a América. Esa cruz, entregada a los obispos cubanos, caminó por toda la Isla desde el 85 al 92, y dio lugar a un profundo reencuentro de la iglesia con el pueblo. Las Iglesias católicas se volvieron a colmar de fieles, y las comunidades se multiplicaron. Miles de jóvenes y niños, oyeron hablar por primera vez de Jesucristo. Y muchos de los que abandonaron la iglesia en tiempos más difíciles, retornaron a ella.

La carta de los obispos El amor todo lo espera de 1993 significó un aldabonazo, un llamado a la conciencia nacional para arreglar "entre cubanos'' la grave situación que atravesaba el país. Un urgido llamado al diálogo y a la reconciliación nacional, que provocó una airada respuesta gubernamental a través de sus voceros oficiosos. El impacto popular fue enorme, pero la valiente y sabia propuesta de los obispos aún sigue siendo desoída por las autoridades gubernamentales. En 1994 el Papa nombraría un nuevo cardenal para Cuba, en la persona del Arzobispo de la Habana, Jaime Ortega y Alamino. Ese año, en la visita al Ad Límina de los obispos cubanos, Mons. Jaime había definido ante el Papa lo ocurrido en Cuba, y en el mundo comunista, como "el triste despertar de un sueño arruinado''. Para luego añadir: "salvar ese sueño sería una quimera, pero sí [se debe] mantener y potenciar los frutos positivos de esta etapa histórica difícil''.

En 1995 fueron erigidas tres nuevas diócesis, (Santa Clara, Ciego de Avila, y Bayamo-Manzanillo) que se añadían a la de Holguín (1979). En 1998 le tocó el turno a Guantánamo-Baracoa. Al ser elevada a Arquidiócesis la de Camagüey en 1999, se completaría el actual estado de la Iglesia en Cuba: tres sedes arzobispales y 8 sedes episcopales.

En la comunidad católica fue creciendo en todos esos años el deseo de ser visitados por el Papa Juan Pablo II. Después de arduas negociaciones, al fin esa visita se pudo efectuar en enero de 1998. El trabajo realizado por las comunidades superó, incluso, a la misión de la Cruz. La movilización popular, el sentimiento de libertad, fraternidad y paz que se respiró en esos días, y en la previa preparación, han hecho de los "días del Papa'' (21 al 25 de enero) el mayor y mejor recuerdo en muchos años para muchos cubanos. Las palabras del Arzobispo Primado, Mons. Pedro Meurice en Santiago, 13 veces ovacionadas por el pueblo reunido en la Plaza Antonio Maceo, descubrió al Papa la realidad difícil de la vida del pueblo, sus sufrimientos y esperanzas. El arzobispo hizo una profunda y valiente radiografía de la realidad eclesial y social, tocando los problemas más acuciantes, sus causas y remedios posibles. Nunca sonó más alta ni más clara, ni más universalmente, la voz de la Iglesia en Cuba.